기부문화연구소는 그동안 기부의 주체인 개인과 기업에 주목해 왔다. 더 나은 세상을 만들기 위한 방법으로서 필란트로피는 기금 출연자뿐 아니라 최종 전달되는 당사자와 매개체, 즉 중간조직인 NPO가 주요한 주체로서 다루어져야 한다. 이에 연구소에서는 개인과 기업연구가 그러했듯이 향후 10년간 NPO의 구조, 행동, 성과(Structure, Conduct, Performance)를 순차적으로 연구하고자 한다. 이를 통해 변화의 촉매자인 NPO가 기금제공자와 사용자의 연결을 용이하게 하고, NPO 역량을 강화를 위한 조건을 제시하고자 한다.